Nunca he usado Fraps con MRO, pero sí con otros sistemas bastante más exigentes y siempre me ha funcionado perfecto. De hecho hace poco para una práctica de OpenGL de clase usando shaders de manera intensiva lo grabé con el Fraps en tiempo real a 60fps sin ningún problema.
Yo me imagino que depende mucho del ordenador (sobre todo, del disco duro) que tengas. La verdad es que siempre que he usado Fraps me ha ido como el caballo del malo pero seguramente eso sea porque mi disco es lento.